З технічної точки зору -- нічим. Розвивалися вони різними шляхами. В ispell-uk напочатку було мало слів і додавалися нові тільки гарно вивірені вичитані слова і правила словотворення (т.зв. "афікс" файл). Розвиток йде загалом від ispell до a/my і всякі інші спели.
ispell-uk-a був заснований як "альтернативний" проект (до цього дня не впевнений, що були якісь технічні причини для заснування альтернативи, але можливо засновник проекту пояснить краще). Розвиток цього другого йшов іншим шляхом -- від aspell до ispell, і шляхом додавання гамузом величезної кількості невичитаних слів і потім з кожним новим релізом їх вичистки.
Якщо підсумувати в першому варіанті ставився упір на якість, в другому на кількість.
Кінцевий результат на сьогоднішній день приблизно один і той же. Але різниця все ще існує:
* якщо Вам потрібно вичитати український текст і при цьому пропустити найменшу кількість помилок, але з більшою ймовірністю того, що якихось слів не буде в словнику -- ставите ispell-uk;
* якщо потрібно вичитати текст швидше але за рахунок вищої ймовірності пропущених помилок ставите альтернативний.
