Вам треба з’ясувати, яку команду (з якими прапорцями) запускає джумла для перетворення відео в кожному з випадків. І почитати підручник ffmpeg, щоб знати які прапорці що активують. Порівняти дві команди. З’ясувати, де можна їх змінити. Якщо виявите помилку в джумлі, повідомити розробникам (якщо знайшли спосіб розв’язання проблеми, також повідомте розробникам)...