Налаштувати ії можна різними засобами: чи то xmodmap, чи ще якось, але найвдаліше, НМД, використати таку програмку, як sven (sven.kiev.ua) - сам користуюсь, досі задоволен.
На друге питання могу відповісти тільки, як налаштувати Win в якості X-вого модифікатора, тому що KDE не юзаю - просто додай необхідний win до XkbOptions.