Я користуюсь такою системою відновлення завантажувача.
Завантажуюсь з будь-якого Лайв-Сіді Лінукс.
Монтую корінь встановленого лінукса до кореня Сіді
mount /dev/sda1 /mnt/sda1
Далі монтую
mount /dev /mnt/sda1/dev -o bind
mount /proc /mnt/sda1/proc -o bind
mount /sys /mnt/sda1/sys -o bind
Далі роблю chroot в змонтований розділ
chroot /mnt/sda1
І уже від рута встановленої системи, правлю конфіги GRUB & Lilo і виконую
#lilo
lilo
#Grub2
grub-update чи update-grub
Точно не памятаю. І все.