Це могло б спрацювати для HTTP, і то сумнівно.
Для FTP тут, мабуть, єдиний вихід - це використання redirector'а.
Всі ftp-запити перенаправити через скрипт на локальному апачі, який буде визначати кодування (у випадку Perl можна використати Lingua::DetectCyrillic) і перекодовувати у кодування, яке виставлене у Squid.