І mysql також під 40.
Можна якось подивитись які саме операції в цей час виконуються?
по апачу дивіться в сторону apachetop та apachectl fullstatus.
дивіться які ріквести обслуговуються, скільки часу виконуються та скільки cpu використовують.
по mysql - дивіться в сторону mytop чи mysqladmin processlist.
пройдіться профайлером типу tuning-primer.sh . slowquery-log 1sec ?
З дисками що ? iowait який в top ?