Якщо не секрет, яка це операційна система?
У деяких системах (наприклад Mandriva/Mageia) є скрипти, які контролюють безпеку і автоматично змінюють права доступу до «не безпечних» каталогів. Можливо, проблема у правильному налаштовуванні цих скриптів.