Якщо воно його дійсно встановило, то можливо ваша оболонка просто не бачить нового місцезнаходження Перла. Перевірте свою доріжку (path). Якщо ви самі не знаєте, де той новий Перл, то спробуйте пошукати його:
find / -name perl -print 2> /dev/null
Якщо знайдете, то додайте те місце, де він живе, до своєї доріжки (при цьому директорія з новим Перлом повинна передувати старій). Або всередині скрипта на першому рядку вкажіть шлях до нього:
#!/path/to/my/new/perl -w
(ви ж завжди використовуєте -w, чи не так?
)
Але найкраще, звичайно, то старий Перл видалити геть.