У мене схожа проблема. Сам з нею ще не розібрався.
При запуску іксів (X.org 7.0) з-під рута за допомогою startx все працює як треба.
В тому числі і локалізація.
А в випадку запуску їх через xdm (по init 5) з конфігурацією все нормально (в усякому разі миша працює, бо за стандартними налаштунками вона не працювала - стояв протокол auto).
Але таке враження, що чи xkb не вантажиться (чи з шрифтами проблема?), бо розкладка переключається, але нічого не друкує, і кирилічні літери не відображуються в іменах файлів.
Ось не пам'ятаю, але, здається, всі програми що мали український інтерфейс працюють в англійському.
До того ж чомусь PATH виглядає на зразок "/etc:/bin:/usr/bin:/usr/bin". Звідки там береться /etc - не знаю.
Але у мене це, мабуть, треба шукати в налаштунках xdm.