а маса методів. Й для гнома. Від composite розширення для X11/Xgl до compiz та beryl, ну й звісно багато чого, про що й не знаю. Тому підказка буде проста: Gnome, Xorg, X11, Transparency краще додати ще й дистрибутив, щоб предметно отримати допомогу. Можна подивитися й на наведені методи прямо - composite/compiz/beryl.
Попередньо краще налаштувати гарно драйвери відеокарти, бо це все лягатиме саме на неї. Інакше - гальма.