Взагалі, не впевнений, чи є щось графічне, але у консолі я робив так:
fdisk /dev/sda, видаляємо старе, та створюємо нове. Потім - mkfs.vfat /dev/sda1 (так - з кожним розділом).
Але перед цим варто впевнитись, що флешка саме sda. Якщо в системі присутнє щось SATA/SCSI - остання літера буде іншою.