Я так зрозумів що вам потрібно відновити стандартний MBR без будь-якого завантажувача. Це вміє робити DOSівський fdisk (fdisk /mbr), вміє робити установочний диск офтопіку NT5 і вище в консолі відновлення.
Якщо-ж необхідно відновити Лінуксовський завантажувач, то я це робив з Gentoo Live CD. Монтував розділ з встановленим Лінуксом і користувався командою chroot:
#chroot /mnt/linux /bin/bash
#/sbin/lilo (якщо у вас LILO, з GRUB буде не складніше)
Ну і все.
