якщо командою для запуску цього командера є doublecmd, то тоді натискаєте Alt-F2, набираєте gksu doublecmd, і насолоджуєтесь командером, запущеним під рутом.
так само для будь-яких інших графічних програм.
варіант, запропонований romi, теж годиться, але вимагає запуску вікна терміналу. ну і не забувати поставити &:
sudo doublecmd &
щоб мати можливість закрити термінал, не вбиваючи командера.