Вам взагалі не треба над цим заморачуватись. Сучасні менеджери розділів роблять все самі при потребі. полнейшее заблуждение. Фрагментация имеет место в любых ФС, в той или иной степени. Что-бы не разводить демагогию (в гугле и на форуме убунты много написано) скажу сразу, в большинстве случаев файлы почти не фрагментируются, но если вы пользуетесь торентами то будьте уверены, что фрагментироваться диск может до 90%. Поэтому для /home использую только xfs ибо она имеет большую полосу пропускания (скорость копирования и чтения файлов) и весь набор утилит для ее настройки в том числе и дефрагментатор который я думаю найдете в гугле сами при помощи 2х слов - xfs и дефрагментация.
