Мдя. Забув ще
$ ls -dl /usr/src/linux/.*
...
Ось що на моєму деб'яні:
isbear@monstruozo:~$ ls -dl /usr/src/linux/.*
drwxr-xr-x 4 root root 4096 2007-05-16 20:55 /usr/src/linux/.
drwxrwsr-x 8 root src 4096 2007-05-16 21:01 /usr/src/linux/..
-rw-r--r-- 1 root root 64915 2007-05-04 03:29 /usr/src/linux/.config
-rw-r--r-- 1 root root 208 2007-05-04 03:29 /usr/src/linux/.kernelvariables
Тобто, як бачимо, .config присутній, причому посиланням не є.
Що можна спробувати - від root покласти туди конфіг, якщо він там відсутній (симлінкувати не раджу - не знаю, як воно коли модуль збирається, а принаймні при перезбірці ядра той конфіг перегенерується, отже може постраждати системний в /boot):
# cp -iv "/boot/config-$(uname -r)" /usr/src/linux/.config