Не завадило би ще вказати типи обох процесорів, бо у AMD зазвичай частота нижча, ніж у такого ж за швидкістю Intel.
Щодо самого питання - якщо припустити, що швидкість процесорів пропорційна їхній частоті, то я би зупинився на другій конфігурації з двох причин:
1) для більшости застосувань (якщо тільки Ви не крутий геймер) Лінуксу 500МБ оперативної пам'яти вистачить;
2) в крайньому випадку оперативну пам'ять можна й додати (чи ні?), чого не зробиш з процесором.
Проти такого вибору може бути принаймні одне заперечення: залізо під DDR1 - це вже відносно старе залізо.
Втім, це мої резони - у Вас можуть бути свої. Найкраще було би спробувати та порівняти результат.