Я перепрошую, ви вже казали що у вас xrandr перемикає відеорежими.
Типовим відеорежимом у вас стоїть 800x600. Відеорежими виставляються в xorg.conf. Документація пише, що типовим відеорежимом стає той, який вказаний першим у опції Modes у підсекції Display секціїї Screen. Якщо такої опції нема, то ікси формують список відеорежимів автоматично зі стандартних відеорежимів VESA.
Не знаю, наскільки це відповідає правді, так як в іксах часто щось змінюють останнім часом. Раніше це працювало, а зараз ікси надто розумні. Спробуйте додати Modes "1280x800" "1024x768" "800x600" у xorg.conf у всі підсекції Display у секції Screen і подивіться, чи допоможе.
Якщо не вийде, поставте виклик xrandr у автозавантаження - майже так само робить gnome-display-settings.