Я погано розбираюсь в Tex, але якщо з'являється проблема перекодування, то, як мені здається, найпростіший спосіб такий: пишете скрипт на python, у якому вичитуєте вміст вашого файлу по рядках text, далі робите так:
text.decode('koi8-u').encode('cp866')
і записуєте перекодовані рядки назад в файл. Найпростіший варіант:
#! /usr/bin/env python
if __name__=="__main__":
from sys import argv
koi8file = open(argv[1])
cp866file = open('output', 'w')
text=koi8file.readlines()
for line in text:
new=line.decode('koi8-u').encode('cp866')
cp866file.write(new)
cp866file.close()
koi8file.close()
Якщо ви назвете файл, скажімо, text.py, зробите його виконуваним і запустите
$ ./text.py filename
то на виході отримаєте перекодований файл з назвою output і в кодуванні cp866.
