а в чому проблема
1. створюєте конфіг-файл "srv1.ncftp.cfg" такого вмісту
host srv1.svoboda.org.ua
user oleg
pass oleg123
2. створюєте .bat файл, в якому виконуєте команду
ncftpput -f srv1.ncftp.cfg -R /backup C:\users\Oleg
запускаєте .bat і він створить копію /backup/Oleg на вказаному в конфігу сервері
для linux команда виглядяє так само, хіба локальні шляхи відрізнятимуться.