Теоретично, сам gscan2pdf не може, але sane-backends чи hplip можуть. Натисніть Ctrl+Esc і подивіться, чи не перевантажено процесор виконанням певної програми. Поспостерігайте за мережею, — можливо, мережева частина модулів SANE чи avahi забивають канал своїми пакетами і заважають нормальній роботі системи.
Я, як роблю книжки, спочатку сканую все у пакетному режимі за допомогою skanlite, потім виправляю скановане у scantailor-featured (дуже зручно для виправлення рядків та роботи із зображеннями). Далі користуюся скриптом для djvulibre для створення djvu. Скани із зображеннями об’єдную за допомогою djvu imager під wine.
Сканувати до PDF, на мій погляд, невиправдана витрата часу і зусиль.