Поліз до .config, знайшов .config/menus/gnome-applications.menu.
у ньому знайшов /etc/xdg/menus/gnome-applications.menu.
[isbear:~] dpkg -S /etc/xdg/menus/gnome-applications.menu
gnome-menus: /etc/xdg/menus/gnome-applications.menu
отож, чи стоїть gnome-menus, та про всяк випадок, чи стоїть menu - воно має генерувати те меню.
що у вас у .config/menus/gnome-applications.menu ?