Андрій,
DDOS - в загальному випадку це значить що на ваш сервер приходить багато вхідного трафіку та багато запитів.
Настільки багато, що ваші сервіси (веб/пошта/фтп) не встигають обробити всі запити.
Як це впливає на ваш сервер - то вже залежить від багатьох деталей цієї атаки.
Як перевірити і захиститися - дуже довго на пальцях пояснювати не маючи перед очима живого прикладу, бо треба знати дані про кількість вхідного трафіку в одиницю часу, кількість апач-процесів і чим завантажений процессор, дискова підсистема, кількість відкритих сокетів і т.д.
Можна в неті знайти описи і кроки захисту від атак - але вам буде важко отак зразу зрозуміти де,що і чому треба "підправити" конкретно на вашому сервері. Знайдіть товариша який розбирається і покаже вам.