Проблема з --get-selections та, що не зберігаються позначки автоматичного встановлення.
Я мав схожу задачу, коли робив міграцію (в межах однієї машини) архітектури з i386 на amd64.
Я зберіг повний список пакунків (aptitude search ~i), потім з нього зробив список пакунків, що встановлені не автоматично (grep + sed).
Потім руками відфільтрував цей список, залишив лише те, що саме мені, як користувачу треба (наприклад, apt-get build-dep встановлює всі залежності пакунка як не автоматично встановлені, тому якщо ви перезбираєте пакунки — в цей список можуть потрапити пакунки, які вам власне не потрібні, і лише займають місце).
Після цього встановив базову систему (debootstrap), і згодував отриманий список пакунків aptitude install --without-recommends. Після цього отримав повний список пакунків нової системи і порівняв з старим (diff -u). Довстановив опціональні залежності (recommended), які вирішив залишити (плюс aptitude intall && aptitude markauto), скопіював потрібні мені файли з /etc у нову систему та мігрував туди. (/home на окремому розділі, тому він просто підмонтувався у нову систему).
Проте така процедура варта того лише якщо ви точно знаєте, чого хочете та більш-менш орієнтуєтеся у назвах пакунків та програм, які вам знадобляться.