Konsole використовувати, якщо треба запустити програму і подивитися, що вона пише - повідомлення про помилки, або це просто консольний додаток.
А от Krunner зручний, коли треба запустити додаток, яким ви рідко користуєтеся і значок якого не винесено на панель. Врешті, пригадати, що такого ви останнє запускали.