Впевнений, що може. Там важливо тільки, яка інтерфейсна плата стоїть на верстаті. Деякі пропрієтарні, які ідуть тільки зі спеціальними програмами та нестандартними портами - NcStudio і плата з послідовним портом, наприклад - не дуже підходять. (Теж можна настроїти по ідеї, але не вартує того.) А так, усе більш-менш стандартне з паралельним портом чи етернетом підтримується LinuxCNC.
Ця досить добре себе зарекомендувала, але є й інші непогані, теж з опторозв'язкою, але простіші:
Можете спробувати, тим більше, що Debian ви знаєте добре.