Для іконок можна використовувати SVG, а отже там можна щось написати, а отже можна використати і смайлик:
<link rel="icon" href="data:image/svg+xml,<svg xmlns='http://www.w3.org/2000/svg' viewBox='0 0 100 100'><text y='0.9em' font-size='90'>🇺🇦</text></svg>" />
