Наскільки я зрозумів, тобі потрібно скомпілювати ядро з підтримкою розділів нтфс. Тоді в консолі набираєш make menuconfig і в розділі "Файлові системи" ставиш галочку (я точно не пам'ятаю) навпроти нтфс, зберігаєш настройки ядра і make dep, make clean, make bzImage (здається в такій послідовності, я вже давно таким не займався, почитай краще доки та мани по компіляції ядра, там точно сказано які команди і в якій послідовності робити)