VT82C686 AC97 Audio Controller має фіксовану частоту дискретизації - 48КГц, тоді як інші плати, як правило, дозволяють виставляти будь яку частоту в певному діапазоні з невеликим кроком. Віндузячий драйвер вміє робити перетворення даних на іншу частоту, а лінуксовий ще ні (хоча я десь бачив латку, яка це вміє робити).
Більшість програм вже вміє працювати з такими платами і самостійно перекодовують вихідний потік, але утиліта sox, яку використовує команда play, яку використовує sndconfig, такого не робить, поки їй примусово не вкажеш потрібну вихідну частоту.
Не морочте собі голову - звукова плата у вас настроена, скоріше за все проблеми
а) з низькою силою вихідного сигналу - драйвер під лінукс не підтримує регулювання вихідного підсилювача (ogain), тому звук під Лінуксом значно тихший;
б) тією злою програмою, яка запускається і забирає DSP (як її звали, що каже "ps pid_проги"?).