Якщо Вас так уже сильно турбують ті файли, перевірте з допомогою пакетного менеджера відповідність встановлених файлів тим, що були у пакетах.
У Вас, я так розумію, Ubuntu? Для Debian і Ubuntu таку перевірку можна здійснити командою
debsums -ca
Результат роботи - список файлів, які були змінені після встановлення.
Якщо Ваших підозрілих файлів у списку не буде - можете не турбуватися.