Наскільки я знаю, у Gnome є gnome-vfs (сам їм не користувався, лише чув), тобто своя віртуальна файлова система. На зразок mc-vfs у Midnight Commander. Оскільки (знов-таки, наскільки я знаю), підмонтувати ftp за допомогою mount неможливо, то я роблю припущення, що nautilus підмонтовує насправді до gnome-vfs. Тому mount нічого й не показує.
Виникає питання: Ви ввійшли на сервер за логіном-паролем? Тоді ко'пайте nautilus. А якщо ні - читайте щось про FTP.
Взагалі, раджу користуватися для роботи з FTP спеціальним менеджером, або MC (мій вибір).