якщо у вас 2.6.21, то інформація про в/в процесів має бути в /proc/$PID/io
єдине, що здається ще немає софта, який би це читав і гарно виводив, бачив це обіцяли в наступній версії sysstat
у вашому випадку, б зробив таке (якщо /proc/$PID/io нічого не дасть):
1. переконався, що файлові системи змонтовані з noatime
2. переглянув чи немає якихсь повідомлень про це в /var/log/messages
3. якщо вже нічого не допомагає вимикати сервіси (аплети, програми...) по одному і дивитися чи зміниться ситуація, також перезавантажитися в консольний режим і порівняти...