стосовно mysql
http://sourceforge.net/projects/automysqlbackup(в двух словах - робить mysqldump для вказаної бази, й періодично ротейтить )
# ll /backup/mysql/
total 24
drwxr-xr-x 55 root root 4096 Dec 5 03:34 daily
drwxr-xr-x 2 root root 12288 Jan 12 03:35 latest
drwxr-xr-x 52 root root 4096 Jan 1 03:34 monthly
drwxr-xr-x 55 root root 4096 Dec 5 03:34 weekly
правда, треба спочатку перевірити наслідки щоб не переборщити.
Треба памятати що всі таблиці в момент бакапа бази локаються на read, і відповідно
доти поки бакап не скінчиться всі треди що чекають на запис будуть заюзувати ресурси (і піднімати лоад)
Крім того, mysqldump і gzip - теж підніматимуть лоад.
Вобщем треба перевірити на скільки зросте лоад, скільки часу це триватиме (скільки часу таблиці будуть залокані),
а головне - як це відобразиться на функціонуванні цілого сайту.
Якщо раніше бакапи робилися з допомогою mysqldump вручну і сайт від цього не страждав - значить боятись нічого.