Добре буде, якщо ви переглянете документацію Ubuntu. Гадаю там має бути щось і про MySQL. Цікаво, яка це версія MySQL (команда mysql --version), бо в мене наприклад ключа --skip-bdb теж немає (mysql 14.14). Зрештою, якщо версія, включена в дистрибутив, має "косяки", то вам залишається або відредагувати /usr/bin/mysql_install_db, прибравши зайвий --skip-bdb, або скомпілювати MySQL власноруч (це на так важко). Однак зверніться спочатку до документації.