Є одна гіпотеза... gtk тут не винен, курсори - це не його робота. KDE і Gnome мають звичку нехтувати загальними іксовими налаштуваннями. Особисто я виставляю тему курсорів на рівні іксів - себто в ~/.icons/default/index.theme прописую потрібу мені тему, наприклад в мене
[Icon Theme]
Inherits = crystalgray
В xfce 4.3.0svn, який я використовую, є слабка підтримка курсорів на вищому рівні, але вона працює поки-що криво і лише в деяких програмах (причому без прив'язки до тулкіту). Я просто цю опцію не вмикаю, використовую іксовий default - тобто те, що написав у index.theme. Якщо проставити тему в цьому файлі і вимкнути "об'їзд" іксових тем в KDE i Gnome, проблема вирішиться, але треба буде щоразу перезапускати ікси для зміни теми. Інший варіант - ставити всюди одну тему, але це незручно. Загального методу вибору курсору "на літу", що діяв би всюди, я не знаю.