Таким не займався, взагалі не маю флешки для експериментів, а мій біос не підтримує завантаження з неї
, але мабуть все повинно бути достатньо просто.
Спочатку створюєте там (скажімо, /dev/sda1) ext2, монтуєте і копіюєте корінь лінукса, який вирішили туди запхати. Потім ставите на /dev/sda GRUB (grub-install), засовуєте в /boot/grub якмога більше його stages (про всяк випадок) з /usr/lib/grub/i386-pc/ і правите /etc/fstab і /boot/grub/menu.lst.
Можна ще змінити /boot/grub/device.map та заборонити перевірку ФС (tune2fs) - так рекомендують у кноппіксівському ЧаПі. Можливо прийдеться відредагувати ще щось, можливо - перезібрати ядро (закомпілити всередину юсб, щоб з initrd не возитися, щось я там бачив і стосовно завантаження з юсб - може в вашому воно вимкнене)...
Посилання:
Кноппіксівський ЧаП,
Про GRUB+usb, info grub, man fstab...