1. Усі стартові скрипти лежать у /etc/init.d - SystemV-style.
2. Відсутні "рівні завантаження", те що є більше схоже на rc.conf - BSD-style.
3. Система portage - розширений аналог BSD ports.
4. Більша частина усього, що встановлюється пхає конфіги у /etc та саме лягає у /usr - SystemV-style (у BSD воно лягає у /usr/local).