
make restore point:
# tar -c /etc | gzip -c > /backups/`date +%F`- system.tar.gz
# tar -c /home/*/.* | gzip -c > /backups/`date +%F`- user.tar.gz
Оці дві команди до крону системного за смаком

Також за смаком можна добавити автоматичну чистку архіву.
Ну, а з архіву витягнути нема проблем
PS. у *ix нема проблем з реєстром та "розмазанними" по системі важливими файлами.
PPS. Щодо виправлення побитих бібліотек/бінарів - залежить від дистру та пакет-менеджера.