Звук передається через PCI, вхід звукової картки чи за допомогою шнурка CD-Audio? Які звукові пристрої зареєстровано у системі (погляньте у налаштуваннях звуку GNOME)?
Спробуйте за допомогою pavucontrol повимикати ці пристрої по черзі і відпишіться сюди про шум.
Звукова картка, бува, не з серії ICH? Якщо це так, я так розумію, ви вже пробували різні варіанти параметрів модуля ALSA?