По-перше, нащо вам встановлювати апач з сирців? Я думаю, що він доступний у репозиторії вашого дистро (якщо у вас не LFS, звісно).
По-друге, за наведеним вами посиланням вказано, що якщо ви не хочете використовувати системні apr/apr-utils, то розпакуйте їх у srclib/apr та srclib/apr-util (у дереві сирців апача), а після цього збирайте апач з --with-included-apr.