Пошукайте src.deb чи src.rpm — там напевно є відповіді.
Компілятор Сі/Сі++ і не повинен шукати .cpp. Він повинен компілювати їх у об’єктні файли .o, а далі вже зібрати (злінкувати) їх у кінцеву програму. Я так зрозумію, що через якісь параметри компіляції не всі потрібні функції скомпілювалися. Це напевно треба або мучити configure або доставити якісь бібліотеки або ще щось. :-/
З власного досвіду щось подібне бувало коли стояла бібліотека не тієї версії, яка потрібна. configure бачив бібліотеку і конфігурував програму з її підтримкою але, в самій програмі, при компіляції якийсь #ifdef не спрацьовував і програма компілювалася так, ніби бібліотеки нема. В результаті все чудово компілювалося аж до етапу лінковки, де мені казало що декілька функцій відсутні.
