Відразу не помітив питання:( Але краще пізніше, ніж ніколи...
1. ~/.config, ~/.cache
2. Можливо, це значить, що у вас не налаштована консоль, скоріш за все не прописаний відповідний шрифт (mc і тд нормально працюють? Кирилицею в терміналі писати можна?), хоча інформації явно не достатньо. Термінал однозначно не винен.
3. Ніде. Тобто використовується стандарт freedesktop.org, за яким для кожної програми існує файл program.desktop з описом цієї програми. Для меню вони беруться з /usr/local/share/applications і /usr/share/applications.
4. Можна використовувати ~/.config/xfce4/desktop/menu.xml, а можна типове із /path/to/xfce/etc/xdg/xfce4/desktop. Глюк в одному з конфігів, скопійюйте і відредагуйте новий з вказаного шляху. use xfce4-menueditor.
5. Додайте xfsm-shutdown-helper в /etc/sudoers (файл напряму можна редагувати тільки з visudo, інакше виникають всякі нелінійні ефекти, взагалі - man sudo).
ЗІ Встановили б вже 4.4rc1, чи що...
Воно того геть варте.