Та ні, критично. Якщо б ви обновлювали через configure && make && make install - можна було б припустити відсутність бібліотек новішої версії, а якщо за допомогою Smart'a, то він по ідеї мусів сам все оновити.
Словом, треба людей, котрі краще знають rpm-збірки, аніж я