юзайте кросплатформові VoIP-програми.
Наприклад, Ekiga (вже має бути версія для Windows), Gizmo, OpenWengo. Якщо виходу в інтернет нема, то, як написав empty, потрібно встановити у себе локально SIP-сервер, і створити акаунти для користувачів.
update: блін, шо я за маячню пишу. Не обов’язково, щоб програма була одна і та ж, бо протокол SIP є як email, універсальний. Просто пошукайте найзручніші клієнти для Linux і Windows.