Якщо хочете зробити ці програми доступними всім користувачам комп’ютера та зробити все у відповідності до FHS (
http://www.pathname.com/fhs/), то розмістіть програми у /usr/local.
Візьмемо eclipse: всі файли копіюєте до /usr/local/lib/eclipse/, а в /usr/local/bin/ створюєте shell script, який запускає відповідний скрипт/виконуваний файл з /usr/local/lib/eclipse/
Щодо GNOME menu: у контекстному меню (клік правою кнопкою по значку GNOME menu) обираєте Правка меню, потім кнопкою Створити елемент додаєте елемент до меню.