Переніс, бо питання все ж убунтоспецифічне.
Питання: чому це файл потрібно кожен раз редагувати? У вас що, проксі кожен раз міняється? Якщо ні, то змінні http_proxy та ftp_proxy можна з чистою совістю закинути в ~/.bashrc (у вас же bash? Якщо такого файлу нема, чи він не виконується з ~/.bash_profile, редагуйте останній) і не мучитись.
Щодо питання про Синаптик. Ніколи не користувався, але висловлюю припущення, що він для транспорту використовує libcurl. Якщо це так, то, вірогідно (якщо його автори не зробили додаткових хаків), окрім правильного оточення, ніяк не можна.