В /etc знаходяться налаштування для всієї системи, а в домашніх теках налаштування окремого користувача.
Щодо файлів шрифтів в /etc/fonts/ - особисто я сумніваюсь. Здається там повинні знаходитись на самі шрифти, а файли опису шрифтів(?). Ну щось там є, але шрифти там не повинні бути. Вони десь знаходяться в /usr/share/fonts/ :-/